Il comprend ces espaces:

La Galerie des Statues :

Dans cette Galerie, on a retrouvé des restes de faune sauvage et des pièces d’industrie Moustérienne, propre des Néandertaliens, datés entre 45.000 et 50.000 années.

La Sima de los Huesos :

Abrite la plus importante accumulation de fossiles humains de l’histoire, il s’agit certainement du plus ancien gisement de l’humanité, avec la découverte d’une trentaine d’individus de l’espèce Homo Heidelbergensis, l’ancêtre de l’homme Néandertal. Selon les recherches, il s’agit d’un peuplement qui a habité cette zone il y a 430.000 ans.  En 1992, la découverte du crâne de « Miguelon » catapulte le Site d’Atapuerca au premier rang à l’échelle internationale.  L’Homo Heidelbergensis était une espèce athlétique et de forte corpulence, d’une taille de 1,85 mètre et d’un poids moyen de 100 kilos.  7 000 fossiles humains correspondant au profil de 28 individus,  mis à jour tout au long des  30 dernières années, inscrit  la « Sima del Elefante » au rang des gisements de fossiles humains les plus riches du monde.  Parmi ces individus, il y a des adultes des deux sexes, des adolescents et des enfants. L’un des enfants présente des signes évidents de soins apportés à une fracture du crâne, ce qui supposerait le premier cas de compassion de l’histoire de l’humanité. Une analyse de l’ADN révèle que les différents individus de la Sima avaient un lien de parenté avec ceux qui peuplaient Denisova  (Sibérie) il y a environ 40.000 ans.  On a retrouvé également des restes d’ours, de lions, de loups, de lynx et de renards.